Fundación Pioneros se financia, fundamentalmente, a través de las aportaciones de diferentes Administraciones Públicas; vía subvenciones, convenios de colaboración y contratos de servicios.

Existen Comisiones de Seguimiento de los Programas integradas por miembros de la Concejalía de Derechos Sociales y Políticas Migratorias del Ayuntamiento de Logroño, Direcciones Generales de Infancia, Mujer y Familia; Universidades y Formación Permanente; Ordenación e Innovación Educativa; y Justicia e Interior del Gobierno de La Rioja y de la propia Fundación. Asimismo, un procedimiento de actuaciones de seguimiento del Ministerio de Trabajo y Asuntos Sociales al que está sujeto la Entidad.